怎么将转录组测序数据上传geo?
发布网友
发布时间：2025-01-02 22:05
共1个回答
热心网友
时间：2025-01-06 16:24
GEO，即Gene Expression Omnibus，是一个公共功能基因组学数据存储库，遵循MIAME标准，接受阵列和序列数据，并提供工具供用户查询和下载实验与规划的基因表达谱。将原始测序数据提交至此数据库至关重要。
上传步骤包括：
1. 登录NCBI，点击首页的Submit，准备上传原始测序数据的.gz文件。
2. 滑至页面底部，选择GEO下的Learn more，点击Submit high-throughput sequencing。
3. 点击Raw data files，上传数据分为两步，首先选择Transfer Files。
4. 登录NCBI账号。
5. 上传数据，提供文件上传地址与FTP服务器的地址、账号和密码。
6. 使用Filezilla远程登录FTP服务器，在指定文件夹新建并上传测序原始文件。
7. 同时上传md5值以检查文件完整性。
8. 完成数据注释与实验流程，使用GEO提供的metadata spreadsheet模板进行填写。
9. 在所有数据上传后，进入最后一步，Notify GEO，填写文件夹名，设置数据公开时间或设为私密。提交以完成上传。
10. 数据上传后，将收到确认邮件，包含GSE编号，表示上传成功。
祝您科研顺利！
热心网友
时间：2025-01-06 16:20
GEO，即Gene Expression Omnibus，是一个公共功能基因组学数据存储库，遵循MIAME标准，接受阵列和序列数据，并提供工具供用户查询和下载实验与规划的基因表达谱。将原始测序数据提交至此数据库至关重要。
上传步骤包括：
1. 登录NCBI，点击首页的Submit，准备上传原始测序数据的.gz文件。
2. 滑至页面底部，选择GEO下的Learn more，点击Submit high-throughput sequencing。
3. 点击Raw data files，上传数据分为两步，首先选择Transfer Files。
4. 登录NCBI账号。
5. 上传数据，提供文件上传地址与FTP服务器的地址、账号和密码。
6. 使用Filezilla远程登录FTP服务器，在指定文件夹新建并上传测序原始文件。
7. 同时上传md5值以检查文件完整性。
8. 完成数据注释与实验流程，使用GEO提供的metadata spreadsheet模板进行填写。
9. 在所有数据上传后，进入最后一步，Notify GEO，填写文件夹名，设置数据公开时间或设为私密。提交以完成上传。
10. 数据上传后，将收到确认邮件，包含GSE编号，表示上传成功。
祝您科研顺利！
