FastQC——转录组数据质控的得力助手
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发布时间：2025-01-02 22:05
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时间：2天前
FastQC是一个免费使用的质量控制工具，专门用于高通量测序数据的快速、准确评估。适用于RNA-seq数据质量控制。本文将使用拟南芥转录组数据为例，详细说明FastQC在RNA-seq数据质控的应用。
安装FastQC：
首先，创建并激活FastQC环境：
conda create –name fastqc
conda activate fastqc
然后，使用生物统计学软件包进行安装：
conda install -c bioconda fastqc
验证是否成功安装：
fastqc -version
数据准备：
先进行数据过滤，然后进行质量控制。数据预处理后，使用FastQC进行质量控制。
质量控制操作：
执行以下命令，使用所有以 _paired.fq.gz 结尾的文件，同时使用4个线程：
fastqc -t 4 *_paired.fq.gz
或者：
nohup fastqc -t 4 -o ~/my_folder/trimm/ninanjie_output/ninanjie_qc *_paired.fq.gz &
程序会在后台运行，结果输出至指定目录。可依据实际需求调整命令。
查看结果：
完成后，每个样本将生成read1和read2的.html报告和压缩文件。通过打开.html文件即可查看报告。
至此，关于FastQC在RNA-seq数据质控的介绍完成。如有疑问或需要进一步帮助，请访问云生信 - 学生物信息学 (biocloudservice.com)。如需在服务器上使用，请联系微信：18502195490（请联系我们以获取更多服务）。
